当然ながら、法人税と法人事業税は異なります。法人税は国税であり、法人事業税は地方税です。計算方法も異なります。例えば、法人税の計算では、受取利息等に課された所得税額等については税額控除を選択せずに損金に算入することも可能です（法人税法４０条）。一方、法人事業税では、所得税額控除を適用しなかった場合でもその金額は損金の額に算入できません（地方税法施行令２１条の２の２）。

このように、法人事業税の計算が法人税とのそれと異なる例としては、外国税額の特例（地方税法施行令２１条の５）、寄附金の損金算入限度額の計算の特例（地方税法施行令２１条の３）などがあります。